В геологическом строении района принимает участие породы аркалыкской свиты (С1V2 - 3ar) нижнекаменноугольного возраста образования павлодарской (N2-3pv) и аральской (N1-2ar) свит неогена, средне – верхнечетвертичные и современные аллювиальные отложения. Образования палеозоя прорваны интрузивными и дайковыми образованиями верхневизейского интрузивного комплекса преимущественно основного и ультраосновного состава.
Аркальская свита (С1V 2-3 ar) имеет довольно широкое распространение в районе месторождения. Выходы пород свиты в виде отдельных останцов прослеживаются от южной границы участка и центральной его части (район собственно Ново-Таубинского месторождения) и далее в северо-западном – субмеридиальном направлении на расстояние до 4 км. В северной части площади отлажения свиты вскрыты поисково-структурными скважинами № 8, 7,6,5,4.
В юго-западном направлении картировочными гидрогелогическими скважинами образования свиты прослежены до левобережья современного русла р.Чар.
Преобладают в составе свиты серые, темно-серые известняки, часто с остатками криноидей. Выше по разрезу известняки перекрываются алевролитами, кремнистыми алевролитами, песчаниками, конгломератами и андезитовыми порфиритами. Общее простирание пород свиты от северо-западного 310-3200 до субморидианального. В разрезе свиты преобладают осадочные образования при подчиненных значении эффузивов основного состава. Отложения свиты характеризуются фациальной изменчивостью и непостоянством литологического состава. Исключение составляют мощные выдержанные по составу пачки известняков, составляющие собственно Ново-Таубинского месторождения и его фланги в нижней части разреза свиты.
Для средней части свиты характерно переслаивание глинистых, кремнистых сланцев, алевролитов и песчаников, песчанистых и мергалистых известняков, андезитовых порфиритов.
Породы свиты диолоцированы в складки северо-западного-простирания с углами падения пород на крылья от 10-200, до 40-500. В северной части Ново-Таубинского месторождения преобладают моноклинальные залегания с углами падения до 30-400, к юго-востоку они сменяются субгоризонтальными, осложненными мелкой складчатостью более высоких порядков, с размахом крыльев первые десятки метров. Характер взаимоотношений пачки известняков с вышележащими породами в северо-западной части месторождения и на доразведонной юго-восточной части различны. Если в северо-западной части вышележащие алевролиты и песчаники лежат на известняках без видимых несогласии, то в юго-восточной доразведанной части месторождения контакты известняков и вышележащих пород носит характер межпластового срыва, выраженного зоной дробленных и милонитизированных пород мощностью от первых метров до первых десятков метров, которая прослежена разведочными каналами и буровыми скважинами на расстоянии около 1,5 км. Падение зоны по данным канав и подсечений в скважинах от 30 до 350 на северо-восток, субсогласно с вышележащей пачкой алевролитов, песчаников и порфиритов. Общее субгоризонтальное залегание известняков в непосредственной близости от разлома приобретает моноклинальное падение, субогласное с зоной разлома.
Неогеновые образования. Аральская свита (N1-2ar).
Отложения аральской свиты в пределах описываемой площади распространены незначительно и на современный эрозионный срез не выходят. Отложения свиты сохранились лишь в глубоких частях древних депрессий под отложениями павлодарской свиты. Породы свиты вскрыты картировочными гидрогеологическими скважинами в районе современной долины р.Чар и предоставлены зеленовато-серыми пластичными глинами с редкими прослоями песков и запесоченных глин. Мощность их по данным картировочного бурения не превышает первых метров – первых десятков метров.
По результатам проведенной магнитометрической съемки на площади 25,6 кв.км выявлен ряд контрольных магнитных аномалий интенсивностью от 100-200 нТ. По результатам интерпретации эти аномалии в юго-восточной части участка отвечают штокообразным телам пород с высокой магнитной восприимчивостью, вертикальным намагничением и крупными контактами (предположительно серпентиниты, ультрабазиты).
Разведочной скважиной №56, пройденной на третьем останце градиентов одной из этих аномалий, на глубине 28 м вскрыты миндалекаменные андезитовые порфириты. По внешнему облику это темно-серые породы со скрытокристалической основной массой. Миндалины округлой формы размером до 5 м выполненных карбонатами и составляют до 20% объема породы. По микроописанию миндалины округлой формы размером от 0,2 до 1 мм выполнены агрегатом гранобластового карбоната нередко в ассоциации с мелкочешуйчатым хлоритом. Вмещающие известняки в непосредственной близости от интрузии значительно брекчированы, значительно окварцованы. Содержание оксида кальция по данным анализов снижается до 41-43%, оксида кремния возрастает до 10-12%.
В северной части поисковой площади по результатам интерпретации магнитометрических работ подобным аномалиям отвечают пластообразные тела северо-западного, субмеридиального, реже субширотного простирания с крутопадающим на юго-восток контактами под углом 75-800. На современной эрозионный срез аномалеобразующие объекты не выходят. При маршрутном обследовании этих аномалии выявлены с поверхности две зоны карбонатных лиственитов размером до 1300х200 и 500х100 м. При бурении поисково-структурных скважин №6 и 5, заданных в висячем боку аномалеобразующих объектов, скважиной № 5 вскрыты известняки аркалыкской свиты по химсоставу отвечающие требованием цементной промышленности. Скважиной № 5 вскрыты карбонатные лиственеты, при глубине 70 м скважина не достигла аномального объекта и остановлена в лественитах. По микроописанию листвениты предоставляют собой породу, состоящую в основном из карбоната с небольшой примесью кварца (1,5-2%), слюдистого минерала (фуксита) – 1,5-2%, пирита 0,5-1%.
По данным спектрального анализа 2 штуфных и 11 керновых проб из скважины № 5 листвениты содержат повышенное количество никеля – до 0,05%, хрома – до 0,15%, кобальта – до 0,006%. В 7 из 11 керновых проб зафиксированы содержания серебра по 0,1 г/т и в одной пробе – следы золота до 0,01 г/т.
Повышенное содержание никеля хрома и кобальта в экзоконтакте аномалеобразующего объекта позволяет предполагать, что по составу он должен отвечать породам основного-ультраосновного ряда.
Кроме перечисленных аномалий отмечается ряд локальных линейных аномалий северо-западного простирания, отвечающих маломощным дайкам основных пород.